Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)

Abstract

Descrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas.