La guayaba es frecuentemente afectada por: larvas de moscas de la fruta y larvas del picudo de la guayaba; para el manejo integrado de las moscas de la fruta se pueden implementar diferentes estrategias. El monitoreo de las moscas de la fruta se realiza con 5 trampas por hectárea.

La producción de guayaba regional destinada a la agroindustria es limitada a causa de las moscas de la fruta, el taladrador del tallo y el picudo de la guayaba. El manejo integrado de estas plagas se basa en el monitoreo con trampas que sirven para registrar su presencia y registrar las poblaciones.

La barrenación de los tallos que sufre el árbol de la gayaba está asociada a las larvas de dos gusanos xilófagos, el anillador y el taladrador. Los guayabos más afectados son los silvestres o aquellos con menor tecnificación, también existe registro de daños en registros tecnificados, aunque con menor incidencia

El manejo integrado de enfermedades se basa entre otras en estrategias preventivas como el monitoreo y el control con prácticas agronómicas de acuerdo con el desarrollo del cultivo. Una enfermedad de la guayaba es la costra, clavo o roña, que causa daño a botones florales y frutos en formación.

El estudio de la composición funcional del té herbal de guayabo busca mejorar el proceso y la calidad de esta reciente opción de agroindustria del cultivo. A través de esta opción se ofrece un producto que facilita la tradición de usar las hojas de guayaba en infusión o tisana para aliviar una gran variedad de dolencias.

La tradicional guayaba regional roja y blanca, obtenida de árboles silvestres inició la reconversión tecnológica y cuenta con cultivos tecnificados para aumentar la productividad y competitividad de este sistema productivo; el cambio ha incluido, uso de recomendaciones tecnológicas para reducir las plagas y enfermedades y prácticas de manejo integrado del cultivo .

Agrosavia ofrece a productores y agroindustriales e inversionistas el sabajón de guayaba. El proceso cuenta con tecnología asequible de baja inversión del que se obtiene una bebida alcohólica con una aceptación del 92% formulada y estandarizada por la NTC 2972.