La producción de guayaba regional destinada a la agroindustria es limitada a causa de las moscas de la fruta, el taladrador del tallo y el picudo de la guayaba. El manejo integrado de estas plagas se basa en el monitoreo con trampas que sirven para registrar su presencia y registrar las poblaciones.

La guayaba es frecuentemente afectada por: larvas de moscas de la fruta y larvas del picudo de la guayaba; para el manejo integrado de las moscas de la fruta se pueden implementar diferentes estrategias. El monitoreo de las moscas de la fruta se realiza con 5 trampas por hectárea.

La caña de azúcar para panela puede presentar daños por hongos, bacterias o virus; los síntomas muestran el desarrollo de la enfermedad, la cual ocasiona desbalance y limitado crecimiento del cultivo. Para que una enfermedad se desarrolle hacen falta tres factores: plantas hospederas susceptibles, hongos, virus o bacterias virulentas y ambiente favorable. Los virus cuentan además con un cuarto factor, los vectores ...

Los mucilagos vegetales se extraen de la corteza de tallos y hojas y se utilizan en la clarificación de jugos de caña para mejorar la calidad de la panela. Las especies vegetales más utilizadas con este propósito son: el balso, el cadillo blanco, el cadillo negro, el guásimo y el cadillo de mula.

La tradicional guayaba regional roja y blanca, obtenida de árboles silvestres inició la reconversión tecnológica y cuenta con cultivos tecnificados para aumentar la productividad y competitividad de este sistema productivo; el cambio ha incluido, uso de recomendaciones tecnológicas para reducir las plagas y enfermedades y prácticas de manejo integrado del cultivo .

La barrenación de los tallos que sufre el árbol de la gayaba está asociada a las larvas de dos gusanos xilófagos, el anillador y el taladrador. Los guayabos más afectados son los silvestres o aquellos con menor tecnificación, también existe registro de daños en registros tecnificados, aunque con menor incidencia

El manejo integrado de enfermedades se basa entre otras en estrategias preventivas como el monitoreo y el control con prácticas agronómicas de acuerdo con el desarrollo del cultivo. Una enfermedad de la guayaba es la costra, clavo o roña, que causa daño a botones florales y frutos en formación.